September 2017
September
MoTuWeThFrSaSu
123
45678910
11121314151617
18192021222324
252627282930
Visitors
eXTReMe Tracker
Since Jan 10, 2008

 

Publications

Journals :

  • FY2011
  • FY2010
    • อนันต์ชัย อัศวเมฆิน, ชุมพล งามผิว, อรนุช ประดิษฐ์ทรัพย์, ชนินทร์ ลิ่มวงศ์ และศิษเฎศ ทองสิมา. ฐานข้อมูลความหลากหลายทางพันธุกรรมในคนไทยแบบสนิปและซีเอ็นวี. Thai Journal of Genetics. 2009; 3(1) : 71-82. acrobat2.png pdf (1.7MB)
    • Xu S, Kangwanpong D, Seielstad M, Srikummool M, Kampuansai J, Jin L and The HUGO Pan-Asian SNP Consortium. Genetic evidence supports linguistic affinity of Mlabri - a hunter-gatherer group in Thailand. BMC Genetic. 2010 Mar 19;11:18.
    • อรนุช ประดิษฐ์ทรัพย์, มานพ พิทักษ์ภากร, นรินทร์ ศรีรัตนวิริยะกุล, ศิษเฎศ ทองสิมา และ อนันต์ชัย อัศวเมฆิน. การวิเคราะห์อภิมานสำหรับงานวิจัยทางระบาดวิทยาพันธุศาสตร์. Thai Journal of Genetics. 2009; 2(2) : 103-119. acrobat2.png pdf (2.8MB)
    • HUGO Pan-Asian SNP Consortium, Abdulla MA, Ahmed I, Assawamakin A, Bhak J, Brahmachari SK, Calacal GC, Chaurasia A, Chen CH, Chen J, Chen YT, Chu J, Cutiongco-de la Paz EM, De Ungria MC, Delfin FC, Edo J, Fuchareon S, Ghang H, Gojobori T, Han J, Ho SF, Hoh BP, Huang W, Inoko H, Jha P, Jinam TA, Jin L, Jung J, Kangwanpong D, Kampuansai J, Kennedy GC, Khurana P, Kim HL, Kim K, Kim S, Kim WY, Kimm K, Kimura R, Koike T, Kulawonganunchai S, Kumar V, Lai PS, Lee JY, Lee S, Liu ET, Majumder PP, Mandapati KK, Marzuki S, Mitchell W, Mukerji M, Naritomi K, Ngamphiw C, Niikawa N, Nishida N, Oh B, Oh S, Ohashi J, Oka A, Ong R, Padilla CD, Palittapongarnpim P, Perdigon HB, Phipps ME, Png E, Sakaki Y, Salvador JM, Sandraling Y, Scaria V, Seielstad M, Sidek MR, Sinha A, Srikummool M, Sudoyo H, Sugano S, Suryadi H, Suzuki Y, Tabbada KA, Tan A, Tokunaga K, Tongsima S, Villamor LP, Wang E, Wang Y, Wang H, Wu JY, Xiao H, Xu S, Yang JO, Shugart YY, Yoo HS, Yuan W, Zhao G, Zilfalil BA; Indian Genome Variation Consortium. Mapping Human Genetic Diversity in Asia. Science 326, 1541 (2009).
    • Jongkon N, Mokmak W, Chuakheaw D, Shaw PJ, Tongsima S, Sangma C. Prediction of avian influenza A binding preference to human receptor using conformational analysis of receptor bound to hemagglutinin. BMC Genomics 2009, 10(Suppl 3):S24.
    • Piriyapongsa J, Ngamphiw C, Assawamakin A, Wangkumhang P, Suwannasri P, Ruangrit U, Agavatpanitch G and Tongsima S. RExPrimer: an integrated primer designing tool increases PCR effectiveness by avoiding 3' SNP-in-primer and mis-priming from structural variation. BMC Genomics 2009, 10(Suppl 3):S4.
    • Intarapanich A, Shaw PJ, Assawamakin A, Wangkumhang P, Ngamphiw C, Chaichoompu K, Piriyapongsa J, Tongsima S. Iterative pruning PCA improves resolution of highly structured populations. BMC Bioinformatics. 2009 Nov 23;10:382.
    • Makarasara W, Kumasaka N, Assawamakin A, Takahashi A, Intarapanich A, Ngamphiw C, Kulawonganunchai S, Ruangrit U, Fucharoen S, Kamatani N, Tongsima S. pHCR: a parallel haplotype configuration reduction algorithm for haplotype interaction analysis. J Hum Genet. 2009 Nov;54(11):634-41.
  • FY2009
    • Mokmak W, Tongsima S, Jenwitheesuk E. Molecular dynamics simulation of human Thiopurine S-methyltransferase complexed with 6-mercaptopurine model. Bioinformation 2009;4(2).
    • Wilantho A, Tongsima S, Jenwitheesuk E. Pre-docking filter for protein and ligand 3D structure. Bioinformation 2008;3:189-193.
    • Ngamphiw C, Kulawonganunchai S, Asswamakin A, Jenwitheesuk E, Tongsima S. VarDetect: a nucleotide sequence variation exploratory tool. BMC Bioinformatics 2008;9(Suppl 12):S9. acrobat2.png pdf (3.7MB)
    • Chasombat S, Tongsima S, Pattarapayoon N, Khoereanudom S, Jenwitheesuk E. Subtype-specific HIV-1 genotypic susceptibility interpretation. AIDS Research and Human Retroviruses 2008;24:1565-1567.
  • FY2008
    • Tongsima W, Tongsima S, Palittapongarnpim P. Outlook on Thailand’s Genomics and Computational Biology Research and Development. PLoS Comput Biol 2008;4(7): e1000115. acrobat2.png pdf (135KB)
    • Ruangrit U, Srikummool M, Assawamakin A, Ngamphiw C, Chuechote S, Thaiprasarnsup V, Agavatpanitch G, Pasomsab E, Yenchitsomanas P,  Mahasirimongkol S, Chantratita W, Palittapongarnpim P, Uyyanonvara B, Limwongse C,  and Tongsima S. Thailand Human Mutation and Variation Database (ThaiMUT). Human Mutation 2008 acrobat2.png pdf (258KB)
    • Jenwitheesuk E, Horst JA, Rivas KL, Van Voorhis WC, Samudrala R. Novel paradigms for drug discovery: computational multitarget screening. Trends Pharmacol Sci. 2008;29:62-71. acrobat2.png pdf (1,011KB)
    • Tocharoentanaphol C, Promso S, Zelenika D, Lowhnoo T, Tongsima S, Sura T, Chantratita W, Matsuda F, Mooney S, Sakuntabhai A. Evaluation of resequencing on number of tag SNPs of 13 atherosclerosis-related genes in Thai population. J Hum Genet. 2008;53(1):74-86acrobat2.png pdf (422KB)
    • Sangket U, Phongdara A, Chotigeat W, Nathan D, Kim WY, Bhak J, Ngamphiw C, Tongsima S, Khan AM, Lin H, Tan TW. Automatic Synchronization and Distribution of Biological Databases and Software over Low-Bandwidth Networks among Developing Countries. Bioinformatics. 2008 Jan 15;24(2):299-301. acrobat2.png pdf (150KB)
    • Chaichoompu K, Kittitornkun S, Tongsima S. Speedup Bioinformatics applications on multicore-based processor using vectorizing and multithreading strategies. Bioinformation. 2007;2(5):182-184.  acrobat2.png pdf (235KB)
    • Jenwitheesuk E, Samudrala R. Identification of potential HIV-1 targets of minocycline. Bioinformatics. 2007 Oct 15;23(20):2797-9. acrobat2.png pdf (270KB)
  • FY2007
    • Wangkumhang P, Chaichoompu K, Ngamphiw C, Ruangrit U, Chanprasert J, Assawamakin A, Tongsima S. WASP: a Web-based Allele-Specific PCR assay designing tool for detecting SNPs and mutations. BMC Genomics. 2007 Aug 14;8:275acrobat2.png pdf (2.3MB)
  • FY2006
    • Mahasirimongkol S, Chantratita W, Promso S, Pasomsab E, Jinawath N, Jongjaroenprasert W, Lulitanond V, Krittayapoositpot P, Tongsima S, Sawanpanyalert P, Kamatani N, Nakamura Y, Sura T. Similarity of the allele frequency and linkage disequilibrium pattern of single nucleotide polymorphisms in drug-related gene loci between Thai and northern East Asian populations: implications for tagging SNP selection in Thais. J Hum Genet. 2006;51(10):896-904acrobat2.png pdf (1.3MB)

 


Filed patents :

  • FY2009
    • 1.นางสาวปวิตา ทิพย์สมบัติบุญ 2.นายเอกชัย เจนวิถีสุข. วิธีการคำนวณปริมาณไขมันแทรกในเนื้อสัตว์เพื่อการวัดคุณภาพของเนื้อสัตว์ ด้วยเทคนิคการประมวลผลภาพ. เลขที่คำขอ 0901003452. วันที่รับคำขอ 30 ก.ค. 2552. acrobat2.png pdf (1.2 MB)
    • 1.นางสาววรรณวิมล หมอกมาก 2.นายเอกชัย เจนวิถีสุข. กรรมวิธีการตรวจหาการเปลี่ยนแปลงนิวคลีโอไทด์เดี่ยวหรือสนิปส์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับระดับไขมันแทรกและระดับความนุ่มของเนื้อโค. เลขที่คำขอ 0901001537. วันที่รับคำขอ 3 เม.ย. 2552.
    • 1.นายศิษเฎศ ทองสิมา 2.นายอนันต์ชัย อัศวเมฆิน 3.นายศุภศักดิ์ กุลวงศ์อนันชัย 4.นายชุมพล งามผิว. ระบบอัตโนมัติสำหรับแปลผลในการตรวจวินิจฉัยโรคธาลัสซีเมียพาหะธาลัสซีเมียและฮีโมโกลบินผิดปรกติ. เลขที่คำขอ 0901002615. วันที่รับคำขอ 12 มิถุนายน 2552. acrobat2.png pdf (737 KB)
    • 1.นายศิษเฎศ ทองสิมา 2.นายอภิชาต อินทรพาณิชย์ 3.นายกฤษดากร ไชยชุมภู 4.นายอนันต์ชัย อัศวเมฆิน. อุปกรณ์ประมวลผลข้อมูลสำหรับการประมวลผลข้อมูลจีโนไทป์ด้วยวิธีการอนุมานแฮปโปลไทป์ (haplotype inference) ในวิธีที่เรียกว่า ขั้นตอนวิธีการคาดหมาย-การหาค่ามากที่สุด (expectation maximization algorithm) จากข้อมูลสนิป. เลขที่คำขอ 0901000820. วันที่รับคำขอ 26 กุมภาพันธ์ 2552. acrobat2.png pdf (437 KB)
    • 1.นายเอกชัย เจนวิถีสุข 2.นายศิษเฎศ ทองสิมา. กรรมวิธีการแปลผลการตรวจการดื้อยาต้านไวรัสเอชไอวีด้วยวิธีการตรวจจีโนทัยป์โดยใช้ เชื้อไวรัสสายพันธุ์มาตรฐานที่มีสับทัยป์ที่เหมาะสมเป็นตัวอ้างอิง. เลขที่คำขอ 0801006092. วันที่รับคำขอ 27 พ.ย. 2551. acrobat2.png pdf (480 KB)

 


Conferences :

  • FY2011
    • Ekasit Kijsipongse, Suriya U-ruekolan, Chumpol Ngamphiw and Sissades Tongsima, Efficient Large Pearson Correlation Matrix Computing using Hybrid MPI/CUDA. The 8th International Joint Conference on Computer Science and Software Engineering (JCSSE 2011), May. 11-13, 2011. Nakhon Pathom, Thailand.
    • Pongsakorn Wangkumhang, Anunchai Assawamakin and Sissades Tongsima. An Efficient Machine Learning Based Framework to Select Minimal Set of Informative Markers for Bovine Breed Classification. The 4th ASIAN YOUNG RESEARCHERS CONFERENCE ON COMPUTATIONAL AND OMICS BIOLOGY (AYRCOB), Dec. 1-3, 2010. Biopolis, Singapore.
    • Jittima Piriyapongsa, Anunchai Assawamakin, Apichart Intarapanich, Chumpol Ngamphiw and Sissades Tongsima. Correlation-Based Filtering Technique Coupled with Machine Learning for Detecting Gene-Gene Interaction in Genome-Wide Association Study. The 4th ASIAN YOUNG RESEARCHERS CONFERENCE ON COMPUTATIONAL AND OMICS BIOLOGY (AYRCOB), Dec. 1-3, 2010. Biopolis, Singapore.
    • Sattara Hattirat, Chumpol Ngamphiw, Anunchai Assawamakin, Jonathan Chan, and Sissades Tongsima. Catalog of Genetic Variations (SNPs and CNVs) and Analysis Tools for Thai Genetic Studies.  The 1st International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio2010), Nov 3-5, 2010. Bangkok, Thailand.
    • Yuranat Saikatikorn, Panida Lertkiatmongkol, Anunchai Assawamakin, Marasri Ruengjitchatchawalya, and Sissades Tongsima. Study of the Structural Pathology Caused by CYP2C9 Polymorphisms Towards Flurbiprofen Metabolism Using Molecular Dynamics Simulation. The 1st International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio2010), Nov 3-5, 2010. Bangkok, Thailand.
    • Pornchalearm Deejai, Anunchai Assawamakin, Pongsakorn Wangkumhang, Kanokwan Poomputsa, and Sissades Tongsima. On Assigning Individuals from Cryptic Population Structures to Optimal Predicted Subpopulations: An Empirical Evaluation of Non-parametric Population Structure Analysis Techniques. The 1st International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio2010), Nov 3-5, 2010. Bangkok, Thailand.
    • Apaporn Rodpan, Pongsakorn Wangkumhang, Anunchai Assawamakin, Santitham Prom-on, and Sissades Tongsima. Unsupervised Algorithms for Population Classification and Ancestry Informative Marker Selection. The 1st International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio2010), Nov 3-5, 2010. Bangkok, Thailand.
    • Udom Ranok, Surin Kittitornkun and Sissades Tongsima. MULTITHREADING BIOINFORMATICS SOFTWARE WITH OPENMP: SNPHAP CASE STUDY. Proceedings of the IASTED International Conference Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS 2010), Nov 8-10, 2010. Marina Del Rey, USA.
  • FY2010
    • Anekboon K, Phimoltares S, Lursinsap C, Tongsima S and Fucharoen S. Searching Single Nucleotide Polymorphism Markers to Complex Diseases using Genetic Algorithm Framework and a BoostMode Support Vector Machine. The 4th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (iCBBE 2010), June 18-20, 2010. Chengdu, China. acrobat2.png pdf (279KB)
    • Navakul K, Chuakheaw D, Tongsima S and Sangma C. Cell Receptor Binding Mechanism of Influenza A virus (H1N1) 2009 Hemagglutinin. Pure and Applied Chemistry Conference 2010, Jan 21-23, 2010. (The outstanding poster award) acrobat2.png pdf (1.7MB)
    • Uttapong Ruangrit, Anunchai Assawamakin, Chumpol Ngamphiw, Bunyarit Uyyanonvara, Sissades Tongsima. MUTation ANnotation Tool (MUTANT). Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology 2010, March 10-12, 2010.  acrobat2.png pdf (94KB)
    • Sastra Chaotheing, Nattida Suwanakitti, Sissades Tongsima, Yongyuth Yuthavong, and Sumalee Kamchonwongpaisan. Hunting The Target of An Important Antimalarial Drug Dihydroartemisinin Using Genome-Wide Transcriptomic And Bioinformatic Approaches. Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology 2010, March 10-12, 2010. pdf (72)acrobat2.png pdf (94KB)
  • FY2009
    • Piriyapongsa J, Ngamphiw C, Assawamakin A, Wangkumhang P, Suwannasri P, Tongsima S. RExPrimer: An Integrated Primer Designing Tool Increases PCR Effectiveness by Avoiding 3' SNP-in-Primer and Mis-priming from Structural Variation. 8th International Conference on Bioinformatics (InCoB2009), 2009.
    • Jongkon N, Mokmak W, Chuakheaw D, Sangma C, Tongsima S. Prediction of Avian Influenza A Binding Preference to Human Receptor Using Conformational Analysis of Receptor Bound to Hemagglutinin. 8th International Conference on Bioinformatics (InCoB2009), 2009.
    • Bootchai C, Runapongsa Saikaew K, Ngamphiw C, Winwatwattana N,  Tongsima S. Integration of heterogeneous bioinformatics data through web services. The 24th International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC 2009). July 5 - 8, 2009. acrobat2.png pdf (291KB)
    • Amarintrarak N, Runapongsa Saikeaw K, Tongsima S, Wiwatwattana N, SAXM : Semi-automatic XML Schema Mapping. The 24th International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC 2009). July 5 - 8, 2009. acrobat2.png pdf (246KB)
  • FY2008
    • Lobpu S, Jenwitheesuk E. Design of multitarget peptide inhibitor for HIV-1 protease by using neural network. International workshop and symposium on science and technology (I-SEEC) 2008.
    • Sulaiman S, Jenwitheesuk E. Computational screening of multitarget mycobacterium tuberculosis inhibitors. International workshop and symposium on science and technology. (I-SEEC) 2008.
    • Ngamphiw C, Kulawonganunchai S, Asswamakin A, Jenwitheesuk E, Tongsima S. VarDetect: a nucleotide sequence variation exploratory tool. 7th International Conference on Bioinformatics (InCoB2008), 2008. powerpoint8.png ppt (3.3 MB)
    • Amarintrarak N, Saikeaw K, Tongsima S, Wiwatwattana N. Performance Evaluation on Open Source Native XML DBMSs. The Joint Conference on Computer Science and Software Engineering 2008:Vol.2, pp. 263-270, 2008  acrobat2.png pdf (207.9 KB) powerpoint8.png ppt (1.1 MB)
    • Sangma C, Chuakheaw D, Mokmak W, Tongsima S. Prediction of Mutated H5N1 Hemagglutinin Binding Affinity Using Molecular Dynamics Simulations. Bangkok International Conference on Avian Influenza 2008: Integration from Knowledge to Control, 2008. acrobat2.png pdf (568.3 KB)
  • FY2007
    • Chaichoompu K, Kittitornkun S, Tongsima S. Speedup Bioinformatics Applications on Multicore-based Processor using Vectorizing & Multithreading Strategies . 6th International Conference on Bioinformatics (InCoB2007), 2007. powerpoint8.png ppt (2.3MB)
    • Chininmanu K, Ngamphiw C, Assawamakin A, Poomputsa K, Tongsima S. Primer designing algorithm for large scale resequencing exon project. The 19th Annual Meeting of Thailand Society for Biotechnology (TSB) , 2007.   acrobat2.png pdf (677KB)
    • Pomyen Y, Poomputsa K, Tongsima S. Web application for visualizing results from various haplotype inference tools. The 18th Annual Meeting of Thailand Society for Biotechnology (TSB) , 2007. acrobat2.png pdf (2.1MB)
    • Bootchai C, Runapongsa K, Tongsima S, Sripanichkulchai K, Applying P2P Technology for Enhancing Web Services Effectiveness, National Conference on Information Technology 2006, Bangkok, Thailand, Nov 2-3, pp. 253-260, 2006 acrobat2.png pdf (212 KB)

 


Other publications :

  • เอกชัย เจนวิถีสุข. รางวัลโนเบลกับมหากาพย์เรื่องการค้นพบเอชไอวี. นิตยสารอัพเดต, ปีที่ 23, ฉบับที่ 254; หน้า 59-61: พฤศจิกายน 2551. acrobat2.png pdf (220 KB)
  • เอกชัย เจนวิถีสุข. โรควัวบ้า. ใน โรคอุบัติใหม่...มหาภัยใกล้ตัว. 120-144. กรุงเทพมหานคร. สำนักพิมพ์ฐานบุ๊คส์. 2551. acrobat2.png pdf (252 KB)
  • เอกชัย เจนวิถีสุข. เอ็นจีวีไม่ใช่แก๊ส. โพสต์ทูเดย์, หน้า A6, 2 สิงหาคม 2551.
  • เอกชัย เจนวิถีสุข. ความก้าวหน้าของงานวิจัยเพื่อรักษาโรคเอดส์ให้หายขาด. โพสต์ทูเดย์, หน้า A7, 25 กรกฎาคม 2551. acrobat2.png pdf (168 KB)
  • เอกชัย เจนวิถีสุข. จะมีวัคซีนเอดส์ใช้ภายในสิบปีนี้หรือไม่. โพสต์ทูเดย์, หน้า A7, 25 มกราคม 2551. acrobat2.png pdf (1.7MB)
  • เอกชัย เจนวิถีสุข. เหตุใดยุงเป็นพาหะนำโรคไข้เลือดออกแต่ไม่เป็นพาหะแพร่เชื้อเอชไอวี. โพสต์ทูเดย์, หน้า A7, 5 ตุลาคม 2550.  acrobat2.png pdf (1.3MB)
  • อลิษา วิลันโท, เอกชัย เจนวิถีสุข. วิธีการคำนวณค่า binding energy โดยใช้เทคนิค protein-ligand docking.acrobat2.png pdf (1.6MB)
  • วรรณวิมล หมอกมาก, เอกชัย เจนวิถีสุข. วิธีการคำนวณค่า binding energy โดยใช้เทคนิค molecular dynamic. acrobat2.png pdf (1.5MB)
  • ปวิตา ทิพย์สมบัติบุญ, เอกชัย เจนวิถีสุข. วิธีการใช้ neural network เพื่อคำนวณหา scoring function จากลำดับกรดอะมิโน โดยใช้โปรแกรม SNNS. acrobat2.png pdf (487 KB)
Document Actions